En 1940 el número desciende a tres, siendo las causas de las muertes prisión o enfrentamiento de guerrilleros antifranquistas contra las fuerzas del régimen. En 1941 hay cuatro muertes provocadas por enfrentamiento y tres como consecuencia del encarcelamiento. Los últimos fusilamientos llevados a cabo en este municipio tienen lugar en febrero de 1942 contra cuatro vecinos de Horcajo de los Montes. Sus cuerpos fueron enterrados en la zanja que divide el cementerio viejo del nuevo.

A partir de ese momento se suceden las muertes de los últimos cuerpos que contendrán las fosas, todas ellas derivadas del enfrentamiento entre la guerrilla y el régimen franquista o de la tortura contra los enlaces que los guerrilleros tenían en el pueblo.